Całe życie sługi Bożego Franciszka było jednym krzyżem i udręką. Jednak dwa miesiące przed swoją śmiercią, aby za cenę chrześcijańskiej cierpliwości mógł otrzymać boskie obietnice, odczuwał silniejsze boleści, które związane z wysoką gorączką, zmuszały go do pozostania w łóżku.

Żadna choroba nie potrafiła go odwieść od modlitwy. Przeciwnie, w tych ostatnich dniach wzbił się na taki poziom kontemplacji, iż zdawało się, że stale przebywa wśród aniołów. A ponieważ nie dbał przy tym o zaspokojenie potrzeb ciała, wierzono - a takiego zdania byli również doświadczeni lekarze - że jego życie jest w cudowny sposób podtrzymywane. Z wielką pobożnością powtarzał ulubiony przez siebie akt strzelisty: "Niech będzie Bóg uwielbiony" albo też inny temu podobny. Czasem prosił, aby recytowano mu psalmy: "Błogosław, duszo moja, Pana" oraz "Chwal, duszo moja, Pana". Doznawał przy tym niewypowiedzianego wzruszenia. Życzył sobie również, aby mu czytano ów urywek z Ewangelii św. Jana, rozpoczynający się od słów: "Było to przed Świętem Paschy". Słowa te, a zwłaszcza opis ukrzyżowania, szczególnie go wzruszały. Rozpoczynał wówczas rozmawiać z Chrystusem i dziękując Mu, uwielbiał Jego dobroć i miłosierdzie, tak hojnie okazane jemu jako grzesznikowi. Również w hymnach ku czci Najświętszej Dziewicy znajdował wielkie umocnienie. Ich rozważanie przepełniało go radością i skłaniało do oddawania Jej czci. Pewnego razu powiedział do swojego spowiednika: "Pomóż mi, ojcze, wychwalać Boga" i zaraz dodał: "Boże mój, Tyś moim Stwórcą, Królem i Ojcem, Tyś rozkoszą, Tyś moim wszystkim". To powiedziawszy, zapłonął taką miłością Boga, że dusza zatopiona w sprawach wewnętrznych i cała pochłonięta rozkoszami duchowymi pozostawiła zmysły nieczułe i ciało nieruchome jak marmur.

Piątego dnia przed śmiercią powiedział do brata Jana Gomeza, któremu powierzono troskę o chorych: "Czy dostrzegasz, bracie, wielkie względem mnie miłosierdzie Boga, który udzielił mi sił do zwyciężenia nieprzyjaciela?". Na trzy dni przed śmiercią zwracając się do usługującego mu zakonnika, płacząc i wzdychając, wyrzekł: "Skądże to, mój Panie Jezu, że Ty zostałeś ukrzyżowany, a ja przez Twoje sługi jestem pielęgnowany, Tyś obnażony, a ja odziany, Tyś policzkowany i cierniem ukoronowany, a ja tylu dobrami obsypany i tylu dobrodziejstwami pocieszony?". Następnego dnia w obecności wielu braci zawołał: "O Boże mej duszy, bądź pochwalony, jak wielka jest Twoja dla mnie łaskawość. Cieszę się, mój Panie, że jesteś Bogiem, jak wspaniały jesteś!"

W noc poprzedzającą jego przejście do Pana zapadł w głęboką ekstazę. Wszyscy obok stojący sądzili, że skonał. On jednak, wkrótce odzyskawszy przytomność, zawołał: "Ucieszyłem się, gdy mi powiedziano: pójdziemy do domu Pana". Odtąd aż do końca życia biła z jego twarzy wielka radość, ożywienie i wdzięk, a dusza jego, pełna pogody na skutek obiecanego dobra, wyraźnie okazywała radość. Kiedy pewien brat powiedział mu: "Ojcze, ponieważ Bóg za niedługo zabierze cię do nieba, pamiętaj o mnie, gdy wejdziesz do wiecznego królestwa", odpowiedział wesołym tonem: "Rzeczywiście, idę do nieba, lecz jest to zasługą męki i śmierci Chrystusa. Ja bowiem jestem największym grzesznikiem. Kiedy przybędę do ojczyzny, będę dla ciebie dobrym przyjacielem".