Benedykt II był z urodzenia Rzymianinem. Pierwszą formację otrzymał w schola cantorum, którą założył św. Grzegorz Wielki, a która nie tylko sierotom i innym dzieciom, ale także starszym zapewniała inicjację muzyczną oraz pewne wykształcenie ogólne.
Był prezbiterem, kiedy po śmierci Leona II wybrano go w 683 r. na papieża. Przez blisko rok (do 26 czerwca 684 r.) oczekiwał na zatwierdzenie cesarza, niezbędne do konsekracji. Według Liber pontificalis był papieżem łagodnym, pokornym i szczerze miłującym ludzi ubogich. Rządził Kościołem przez niecały rok. Wysłał do Hiszpanii notariusza Piotra, a na stolicę w Yorku kazał przywrócić św. Wilfryda. Odpowiadając na to pierwsze posłanie synod w Toledo (684) potępił monoteletyzm. Dobrze zaczęły układać się stosunki z dworem w Konstantynopolu. Wyrozumiałość papież okazał także wobec Makarego, usuniętego patriarchy antiocheńskiego, którego gotów był przywrócić na stolicę, jeśliby potępił monoteletyzm. Odnowił w Rzymie wiele kościołów i przywrócił prawo azylu w kościołach.
Zmarł w Rzymie 8 maja 685 r., pochowano go w bazylice św. Piotra.