Bonifacy urodził się jako syn Jana, lekarza. Za pontyfikatu Grzegorza I sprawował funkcję diakona. Po wyborze na papieża 25 sierpnia 608 r. został zmuszony do dziesięciomiesięcznego oczekiwania na zatwierdzenie go przez cesarza Fokasa.
Jako pierwszy papież nakazał zamienić pogańską świątynię (Panteon w Rzymie) na kościół (Santa Maria ad Martyres). Miało to miejsce 13 maja 609 r. Wprowadził obowiązkowe święcenia kapłańskie dla zakonników, popierał życie mnisze i zamienił swój dom w Rzymie w klasztor. W czasie jego posługi w Rzymie panował głód, jednak dzięki dobrym stosunkom z cesarzami papież zdołał wynegocjować pomoc. Za jego pontyfikatu zaczęto najprawdopodobniej obchodzić Dzień Wszystkich Świętych w Kościołach Wschodnich, chociaż nie było to jeszcze oficjalne święto.
Zmarł 8 maja 615 r. i został pochowany w bazylice św. Piotra w Rzymie.