Andrzej Bobola cały się oddał posługiwaniu kapłańskiemu, które najpierw w Wilnie pełnił gorliwie, a potem w Bobrujsku, a jego gorliwości nie zdołały pomniejszyć ani niemal niezliczone trudy, ani przeciwności tamtych czasów, ani groźby wrogów, ani wreszcie zaraza, która przez trzy kolejne lata w tamtych okolicach szalała. Starał się wszystkich utwierdzić w chrześcijańskiej wierze, a także nieść światło i pociechę umysłom zaniepokojonym, tkwiącym jeszcze w zabobonach. Starannie nauczał wiary katolickiej zarówno w mieście, jak po wioskach, a nawiedzając mieszkania biednych i wchodząc do bardzo brudnych chat, starał się przyciągnąć do siebie serca obywateli, żeby mógł z nimi przyjaźnie rozmawiać o chrześcijańskich dogmatach. Nie zaniedbywał zamkniętych w więzieniu ani chorych i nigdy im nie odmawiam wsparcia i pomocy. Miłość Andrzeja do ubogich wtedy w szczególny sposób zajaśniała, kiedy w roku 1625 w Polsce zapanowała zgubę niosąca zaraza, która się powtórzyła po czterech latach. Stawszy się wszystkim dla wszystkich, razem z kilkoma towarzyszami zawsze radosny w sercu dawał przykłady heroicznej miłości bliźniego i gardząc niebezpieczeństwem popadnięcia w zaraźliwą chorobę troszczył się o zdrowie ciał chorych, a jeszcze bardziej o zdrowie ich dusz. W dni świąteczne tak skutecznie i z takim zapałem przepowiadał słowo Boże podczas kazań, że ogromna ilość obywateli, a nawet przedstawiciele dworu królewskiego zbiegali się, żeby ich słuchać. Z tego powodu nazywano go prawdziwym Apostołem.

U Andrzeja z gorliwością o szerzenie chwały Bożej łączyło się wielkie pragnienie przeżycia bólu i cierpień. Stąd ostre udręki, jakimi ćwiczył ciało, stąd wielodniowe posty przed wyprawami misyjnymi Stąd też szczególna radość, kiedy zobaczył, że mu zaproponowano sposobność, by krwią własną dał świadectwo wierze katolickiej.

Toteż niedługo czekał na walkę, której sobie życzył. Kozacy bowiem, którzy napadli na nieszczęśliwą Polskę i wszystkie siły obrócili na zniszczenie wiary katolickiej, pochwycili Andrzeja szesnastego maja 1657 roku niedaleko od wioski Pederil, blisko Janowa. Bili go biczami, uderzali go w twarz i na powrozie za jeźdźcem wlekli po trudnej i krwawej drodze do Janowa, żeby go tam ostatecznie umęczyć. W tej walce polski męczennik dorównał chwałą tym, który wspomnienie świętuje Kościół. Zapytany, czy jest kapłanem łacińskiego obrządku, odpowiedział: "Jestem kapłanem katolickim, urodziłem się w wierze katolickiej i w tej wierze chcę umrzeć. Moja wiara jest prawdziwa i prowadzi do zbawienia. Was przede wszystkim niech żal ogarnie. Oddajcie się pokucie, w przeciwnym razie w błędach waszych nie będziecie mogli osiągnąć zbawienia. Jeżeli przyjmiecie moją wiarę, poznacie prawdziwego Boga i zbawicie swoje własne dusze". Po tych słowa Kozacy stali się okrutniejsi i przeciwko żołnierzowi Chrystusa zastosowali nie jedną lub drugą udrękę, lecz niemal niezliczone i jak najokrutniejsze: ranią go biczami, na głowę wkładają ostry wieniec, kaleczą krzywymi szablami, z tylnej części głowy zdzierają skórę, klatkę piersiową, plecy i inne części ciała przypalają płonącymi lampami, a kiedy ten niezwyciężony bojownik powtarzał wyznanie wiary, odcinają mu wargi i nos, wyrywają całkowicie język i wykłuwają oko. Wreszcie, kiedy Andrzej był już bliski końca życia, oprawcy dwoma uderzeniami miecza kończą to okrutne męczeństwo.

Trudzący się i cierpiący błogosławiony Andrzej dał nam przykład. Pełne żarliwości bowiem usiłowanie, by rozszerzać Królestwo Boże uczy nas i na pamięć nam przywodzi prawdę, że Kościół katolicki zrodził się z otwartego boku Chrystusa i że Krwią Jego został obmyty. Dzięki temu nakłania ludzi nam współczesnych do męstwa i do znoszenia dla Kościoła Bożego jakichkolwiek trudów, według tej zasady, że rzeczą chrześcijanina jest wielkich dzieł dokonywanie i znoszenie wielkich cierpień.